舞台は200X年の日本。寄生生物(パラサイト)という未知の存在が日常に潜む宵ヶ沼市。地元の中学校に通う少年、坂咲　青はある日同じクラスメイトの黒河朱莉に夜の旧校舎に呼び出されるのだが、そこで彼を待っていたのはパラサイトに変貌した朱莉の姿だった。偶然調査に来ていたパラサイトを取り締まる特殊組織・通称パラサイト課の職員である柴崎羊子と霧原眞一郎が青を助ける。目に傷を負った青は柴崎と一緒に中学校を離れるが、霧原は残ることに。それには彼しか知らないある理由が隠されていた……パラサイトとは一体なんなのか。その謎を求めて今、物語が動き出す