十一の突入体が落着し、甚大な被害を被った人類は第三次世界大戦へ突入。各国は疲弊した末に新たな国際秩序を構築し、ようやく、戦乱が収まった世界。忘れ去られたように放置されていた突入体内部から、突如として並木と名乗る男性が無線通信にて救助を求めた。これに対して、国際連合直轄のＴＦＯＯＴＥ(Things From Out Of The Earth)調査機関が、日本国陸上自衛軍より派遣されていた武官、有沢俊博一等陸尉を差し向ける。彼に課された任務は、並木の救出であったが、突入体の落着地点であるアリソン・クレーター上空に差し掛かった時、乗り組む輸送機がエンジントラブルを起こしてしまった。