三百年前、突如宇宙から飛来したエネルギーの源「水晶宮」・・・その支配を巡り、争い合う人間たち。そんな人間のために、命をかけ巨大ロボットに乗り込み「物」として戦う「人形」の主人公『１３』ことギイス。生きる意味を探していた彼は、「水晶宮」から現れた少女トゥアと出会う。彼女との、そして孤独な王女アイリスとの出会いが、ギイスを「人間」として目覚めさせて行く。しかし物語は人類の、そして世界の存在の意味までを左右する、壮大なものになって行く・・・ディアズ・バイガ帝国宮廷騎士団たちとの死闘。